1745-51 Kruzianer
Von 1766 bis 1770 gab er die Wöchentlichen Nachrichten, die Musik betreffend heraus. Seit 1771 führte Hiller eine Singschule in Leipzig, aus der berühmte Sängerinnen hervorgingen. Zu seinen Schülerinnen gehörten etwa Corona Schröter.
Im Jahr 1775 begründete er die Musikübende Gesellschaft, deren Konzerte zunächst im Apelschen Haus (seit 1904 Königshaus) in Leipzig, ab 1781 dann im Leipziger Gewandhaus stattfanden. Damit war er der erste Kapellmeister des Gewandhausorchesters.
1782 richtete Hiller in Mitau die Hofkapelle des Herzogs Peter von Kurland ein. Am 19. Mai 1786 organisierte er im Berliner Dom eine Aufführung des Messiah von Georg Friedrich Händel.
Von 1789 bis 1801 war Hiller Thomaskantor der Thomasschule. Außerdem war Hiller zeitweilig Musikdirektor an der Thomaskirche und Organist an der Neukirche.