Im Zweiten Weltkrieg geriet er in französische Kriegsgefangenschaft, wo er ein Kammermusikorchester organisierte.
Mitglied im Strub-Quartett (1951–53, 1962–65) und in Ensembles für Alte Musik wie der Cappella Coloniensis und dem Collegium Aureum
Beyer wurde vor allem als Herausgeber musikalischer Werke bekannt, insbesondere durch seine Neuausgabe von W.A. Mozarts Requiem, KV 626, die wegen ihres behutsamen und respektvollen Umgangs mit der überlieferten Fassung von Franz Xaver Süßmayr inzwischen international anerkannt ist. Daneben hat er zahlreiche Werke besonders der Wiener Klassik bearbeitet, ergänzt und rekonstruiert.