Ab 1956 lebte er in Neapel, später in Rom und Castel Gandolfo, bis er schließlich in Marino in den Albaner Bergen seinen dauerhaften Wohnsitz fand.
Henze trat der Kommunistischen Partei Italiens (KPI) bei; sein politisches Engagement sorgte in Deutschland für Schlagzeilen, so etwa 1968, als die Uraufführung des Oratoriums Das Floß der Medusa (mit Text von Ernst Schnabel) daran scheiterte, dass West-Berliner Mitwirkende nicht unter einem Porträt von Che Guevara und einer roten Fahne auftreten wollten, oder 1969/70, als er demonstrativ in Havanna einen Lehrauftrag übernahm und die Uraufführung seiner 6. Sinfonie dirigierte.
Als erstes Festival zur Verbreitung Neuer Musik gründete Henze 1976 den Cantiere Internazionale d’Arte in Montepulciano. Von 1980 bis 1991 leitete er als Prof. eine Kompositionsklasse an der Musikhochschule Köln. Er gründete 1981 die Mürztaler Musikwerkstätten, 1984 das Deutschlandsberger Jugendmusikfest und schließlich 1988 die Münchener Biennale, ein „Internationales Festival für neues Musiktheater“.
Henzes Wahlheimat war Marino in der Provinz Rom, wo er am 5. November 2012 auch beigesetzt wurde.